元代后期，南戏流经昆山一带，与当地语音和音乐相结合，经昆山音乐家顾坚的歌唱和改进，推进了它的发展，至明初遂有昆山腔之称，连明太祖也说“昆山腔甚嘉”。
明嘉靖十至二十年间（1531-1541），居住在太仓的魏良辅借张野塘、谢林泉等民间艺术家的帮助，总结北曲演唱艺术的成就，吸取海盐、弋阳等腔的长处，对昆腔加以改革，总结出一系列唱曲理论，从而建立了委婉细腻、流利悠远，号称“水磨调”的昆剧歌唱体系。但这时的昆腔，还仅仅是清唱的。
尔后，昆山人梁辰鱼，继承魏良辅的成就，对昆腔作进一步的改革，于隆庆（1567-1572）末，编写了第一部昆腔传奇《浣纱记》，从而扩大了昆剧的影响。文人学士争用昆剧新声撰作传奇，习昆剧演唱者日益增多。由此昆剧遂与余姚腔、海盐腔、弋阳腔并称为明代四大声腔。到万历年间（1573-1620），它的影响已从吴中扩展到江浙各地，“四方歌曲必宗吴门”，一跃而居诸腔之首。
昆腔传入北京，又迅速取代了继北曲之后盛行于北京的弋阳腔，遂逐渐发展成全国性剧种，称为“官腔”。其流行地区逐渐扩展，对许多剧种影响深远，并产生了北昆、湘昆、川昆、宁昆等许多支流。
