昆曲史上最为重大的事，那就是魏良辅等人对昆山腔的改造。在昆曲界，学者一般说魏良辅是明嘉靖、隆庆间人，那是指他的活动时期。胡忌、刘致中的《昆剧发展史》以同时期人的生卒推算他约生于明弘治十四年（1501年）前后，卒于万历十二年（1584年）前后。
在他的生年中，跟昆曲关系最为重大的是：嘉靖二十六年（1547年）或谓二十二年（1543年）已写成《南词引正》；嘉靖三十九年（1560年）前后，“时称昆山腔者皆祖魏良辅”。这就是说，在嘉靖中晚期，魏良辅不仅完成了对昆山腔的改造，创造了“水磨调”的唱法，而且使水磨调的唱法成为昆山腔的正宗。
《南词引正》和《词林选胜》是魏良辅改革昆山腔的重要著作，可惜《词林选胜》至今没有被发现。
关于魏良辅的生平记载很少，明万历昆山人张大复《梅花草堂笔谈》说：“魏良辅别号尚泉，居太仓之南关，能谐声律，转音若丝。”明末清初隐居苏州的余怀《寄畅园闻歌记》说：“良辅初习北音，绌于北人王友山，退而镂心南曲，足迹不下楼十年。当是时，南曲率平直无意致，良辅转喉押调，度为新声。”居于太仓南关的魏良辅，是著名的唱曲家，由唱北曲然后潜心钻研南曲。据一些笔记资料，我们知道魏良辅改革昆山腔还未成功之前，与昆山陶九官和苏州周梦谷、滕全拙、朱南川齐名，周梦谷唱“官板曲”的名气似乎更响。还有他的前辈曲家如北人王友山，户侯过云适，昊中老曲师袁髯、尤驼等，在苏州地区皆享有盛名。
魏良辅研习昆山腔，吸取了北曲中州调和海盐腔的唱法，每有心得，必去请教驻军太仓南关的户侯过云适，待善曲的过云适满意乃止。同里曲家陆九畴，曾与魏良辅竞唱，比试之后即愿出其门下。当时，师事魏良辅，一起研习唱法的有太仓或昆山的张小泉、季敬坡、戴梅川、包郎郎、周梦山等，还有无锡的潘荆南、陈梦萱、潘少泾等，而最为人所乐道的是魏良辅之婿张野塘。明沈德符《顾曲杂言》说：“吴中以北曲擅场者，仅见张野塘一人。”据明末宋直方《琐闻录》，张野塘，河北人，因犯罪被发配来苏州太仓。魏良辅闻其善歌，曾留听三日夜，赞赏不绝，就与其结交。当时魏良辅五十余岁，有一女，也善唱曲，于是招张野塘为婿。自后，张野塘习南曲，更定弦索音节，使与南音相近，并改良三弦，名弦子。后来，张野塘之子以提琴闻名，传给杨六，杨六又有改进，使与弦子相配，乐声更为柔曼婉畅，时人称之为“江南名乐”。张野塘实际成了魏良辅改革昆山腔的重要助手。
魏良辅对昆山腔的改造，伴奏乐器的改良也是相当重要的。据《寄畅园闻歌记》，跟随魏良辅一起改革昆山腔的，还有苏州张梅谷，善吹洞箫，以箫从曲；昆山谢林泉，善擫管，以管从曲。而在无锡的陈梦萱、顾渭宾、吕起渭也以箫管擅名。在无锡有魏良辅的学生潘荆南唱曲也必借箫管合，一时在曲界竞相传习。后来，明潘之恒在《弯啸小品》卷二《叙曲》中曾说起当时昆腔乐师：“秦之箫，许之管，冯之笙，张之三弦，其子以提琴鸣，传于杨氏。如杨之摘阮，陆之搊筝，刘之琵琶，皆能和曲之微，而令悠长婉转以率顿挫也。”明徐渭《南词叙录》也曾说“今昆山以笛、管、笙、琵按节而唱南曲”。在魏良辅改革昆山腔时，伴奏乐器已得到很大程度的发展，在笛、管、笙、琵琶、鼓板外，又增加了箫、三弦、提琴、阮、筝，彻底改变了弦索配南曲的“方底圆盖”的现象。这样一个比较齐全的管弦乐器的组合，无疑更能使昆山新腔发挥“悠长婉转”、“转音若丝”的特点。
魏良辅改革昆山腔曾得到许多人的帮助，在他的周围自然形成了一个改革群体。他的最大功绩是对昆腔唱法的改进与提高，在嘉靖二十六年（1547年）写成的《南词引正》，就是他毕生唱曲经验的总结。根据《南词引正》和明末沈宠绥《度曲须知》，就能知道魏良辅新腔唱曲的艺术特点和他所取得的成就。他绝不满意原昆山腔的“讹陋”和“平直无意致”，于是力求洗尽乖声，转喉押调，度为新声。他认为曲有三绝：字清为一绝，腔纯为二绝，板正为三绝。唱曲五音以四声为主，平上去入既要端正又要“婉协”，字音的头腹尾要唱得“毕匀”，启口轻圆，收音纯细。唱长腔“贵圆活”，唱短腔“要遒劲”；过腔接字乃“关琐之地，最要得体”，要交代清楚。拍板“最要得中”，须要板眼分明。对于双叠字、单叠字、唇齿音字、闭口音字，南不杂北，北不杂南，都非常讲究。经改革的昆山新腔更是柔美婉转、清俊温润，时人谓之“水磨调”。魏良辅度曲以清唱时曲，又谓之“冷板曲”。
魏良辅自得张野塘后，也改良了北曲昆唱，“南曲不可杂北腔，北曲不可杂南字”，以使“字清腔劲”。明张大复赞其唱“转音若丝’，，余怀论其唱“跌换巧掇，恒以深邈，助其凄唳”，明沈宠绥评其唱“功深镕琢，气无烟火”。吴中老曲师如袁髯、尤驼者，皆自以为不及魏良辅。在当时，昆腔的唱法形成昆山、苏州、无锡三派，各具风格。苏州一派时称“吴腔”，即早期与魏良辅齐名的邓全拙，“稍折中于魏”，影响也很大。无锡一派“媚而繁”，“宗魏而艳新声”，实际乃是魏的传人潘荆南、陈梦置、潘少泾辈。人说“三支共派，不相雌雄，而郡人能融通为一”，实际都有魏良辅改革的影响，明潘之恒评曰：“锡头昆尾吴为腹，缓急抑扬断复续”。约在嘉靖三十九年（1560年）前后，魏良辅已“立昆之宗”，“时称昆山腔者，皆祖魏良辅”。然而，魏良辅改革昆山腔，“调用水磨，拍捱冷板”，“腔曰昆腔，曲名时曲”，虽“声场禀为曲圣，后世依为鼻祖”，然是唱清曲的“清工”，时人也称之为“吴歈”。至于将“水磨调”搬用到戏台上去唱，成为“戏工”，那是晚一步的事了。在明代将魏良辅改革后的昆山腔，遂称之为“昆腔”，或“昆腔新声”，或“水磨调”。
