清帝福临于顺治元年（1644年）进入北京，南明政权仍历经弘光、鲁王、隆武、绍武、永历诸朝。1646年11月清兵进潮州，攻广州，绍武帝死，永历帝逃广西。郑成功在东南沿海抗清，潮州是主要抗争地，直至康熙十九年（1680年）丘辉从达濠撤台湾。清廷于1661年下“迁界令”，沿海居民内迁五十里，“尽夷其地，空其人”，生民涂炭。直至康熙二十二年（1683年）才宣布废止。加上刘进忠等的附清、附明、附藩（耿精忠），反复无常，兵灾不已，潮州经济极受破坏。自复界以后，潮州经济恢复，康熙后期，雍正、乾隆、嘉庆到道光诸朝，是相对太平的日子，商业活跃，农业、手工业也有发展。潮州“商贾辐辏，海船云集”（乾隆《潮州府志》），“康、雍时，服贾极远，止及苏、松、乍浦、汀、赣、广、惠之间”，嘉道间则“海帮遍历，而新加坡、暹罗，尤多列肆而居”（光绪《海阳县志》）。1840年鸦片战争以后，特别1858年汕头开辟为对外通商口岸后，潮州与外国尤与东南亚各国贸易频繁，出国侨居者日众，商业经济发展到了新的阶段。清代的潮剧，以乾隆中（即1761～1762年修《潮州府志》为界）之前为前期，此后到1840～1858年（即鸦片战争和汕头开埠为界）为中期，到辛亥革命的1911年为后期，分三阶段概述如下：
清代前期，潮剧称为“泉潮雅调”和潮州戏。泉潮雅调从音乐唱腔得名；潮州戏则是从地域而得称。顺治八年（1651年）有《新刊时兴泉潮雅调陈伯卿荔枝记大全》出版（传本原件藏于日本图书馆，台湾大学吴守礼教授编《明清闽南戏曲四种》影印收录，1976年台湾联禾美术印刷厂版），首次将“雅调”一词冠于书名。福建泉州和广东潮州人文历史较为一致，潮腔、泉腔相互汲收，渗透融合，1566年就已有“潮泉二部”合刻的《荔镜记》，再进一步发展，成为“泉潮雅调”；它和万历年间融戈阳腔昆山腔及馀姚腔海盐腔出现的“徽池新调”情况相类似。潮泉二腔融合中也接受戈、昆等声腔影响。泉潮雅调仍是曲牌联缀体，二三人同唱一曲，也有帮腔合唱；以“其歌轻婉，闽广相半”为特征。顺治庚子（1660年）吴颖篆《潮州府志》卷一《风俗考》说：“其声轻婉，闽广相半，中有无字而独用声口相授，曹好之，以为新声。”潮州戏的称谓，见诸广东人屈大均（1630～1696年）和四川人两任广东学官的李调元著作。屈大均《广东新语·诗语》和李调元《南越笔记》都说：“潮人以土音唱南北曲者曰潮州戏。潮音似闽，多有声而无字，有一字而演为二三宇。其歌轻婉，闽广相半，中有无字而独用声口相授。曹好之．以为新调者。”他们所说的土音，指的是潮州方言，用潮州话唱南北曲，是当时的潮州戏的声腔。泉潮雅调，也就是这种腔调。南北曲是潮州戏的源来，发展中又有地方的特点，有的著作用“南音土风”作概括。康雍年间蓝鼎元（鹿州）《鹿州初集十四·潮州风俗考》记：“也好酣歌，新声度曲，灯宵月夜，博粉嬉游，咿咿呜呜，杂以丝竹管弦之和南音土风，声调迥别。”乾隆辛巳（1761年）《潮州府志·卷十二·社会》则载：“所演传奇，皆习南音而操土风，聚观昼夜忘倦；若唱昆腔，人人厌听．辄散去。虽用丝竹，必鸣金而节之，俗称马锣，喧聒难听。”他们都指明潮州戏是有管弦乐器和锣鼓伴奏的。康熙问陈琼作潮州筑堤写实画四幅，其完工庆贺幅中局部是演戏图，是当时演戏的真实写照。这幅图画出六柱戏棚，戏台上接竹帘为幕，后台演员化装扮角色，乐工则分坐两边，使用乐器有琵琶、笛、笙及鼓板等。它形象地表现了潮州上演的戏有管弦乐的事实，与潮剧当时有乐器伴奏是吻合的。
清代前期潮州戏的演出活动是很频繁的，顺治时民间风俗是：“仲春祀先祖，坊乡多演戏。谚曰：孟月灯，仲月戏，清明墓祭。”（顺治《潮州府志》卷一）在“迁海案”复界之后的康雍年间则是“迎神赛会一年且居其半，梨园婆娑，无日无之”（《鹿州初集》之十四）。乾隆时是“凡社中以演剧多者相夸耀”，形成了喝彩叫好的习俗：“竞以白镪青蚨掷歌台上，贫者辄取巾帻、衣带、便面、香囊掷之，名曰丢彩。次日则计其所值而赎之，伶人受值称谢，争以为荣。”（乾隆《潮州府志·社会》）当时的潮州戏还传播到了海外，据英国人布赛尔和法国人范华烈·卢贝尔等人的著作以及泰国方面的材料，暹罗大城皇朝末期（1767年前），潮州戏到了暹罗；布赛尔还记叙1685至1688年在宫廷宴会中用以招待法王路易十四的使节。
演出场所方面，搭戏棚、神庙戏台、庭园戏台都有，还有涂脚戏即不搭戏棚在平地演出者。神庙戏台在乾隆年间新建或修建者甚多，如揭阳关帝庙前戏台于乾隆四十二年扩建，澄海樟林妈祖前新建戏台并立石牌记载：“外门戏台，歌舞以祀神。”家庭戏台如澄海城西后巷池“四马垂芳”府建有戏台和观戏厅；莲阳李厝宫李玉山还建有戏厅、观戏台、戏班人员宿舍等俱全的戏馆。
清代中叶，即乾隆中后期和嘉庆到道光前期，是相对升平年代，全国各地方戏曲蓬勃兴起。1779年至1788年秦腔魏长生风靡北京，1790年徽班为乾隆八十祝寿，接着是四大徽班称霸北京，以板式变化为主体的戏曲逐渐取代以曲牌联缀为主的戏曲，成为主流。广州外省戏班云集，乾隆五十六年（1791年）广州重修外江梨园会馆有53班参加，湖南、姑苏、安徽班最多。潮州偏处一隅，影响稍迟，也受乱弹诸腔影响，西秦戏流入在前（乾嘉年间），外江戏在后（道光前期），相继流入并逐渐扎根。潮州戏在曲牌联缀的唱腔基础上也开始汲取板式变化灵活的唱腔。郑昌时于道光甲申（1824年）镌刻《韩江闻见录》，卷九《韩江竹枝词》载：“东西弦管暮纷纷，闽粤新腔取次闻。不隔城根衣带水，马头高调送行云。”注：“潮近闽，歌参闽腔，韩江舟声又尚马头调云。”说的是“闽粤新腔”和“马头调”出现流行。据嘉应人杨懋建《京尘杂录》记嘉道年间马头调有南北之分，“京城极重马头调，游侠子弟必习之”，“几与南北曲同其传授”。而“南中歌伎唱马头调皆小曲”，“皆与京城马头调不同也”。潮州戏也汲取小曲。
潮州戏曲活动如前期，“各乡社演戏，扮台阁，鸣钲击鼓以娱神，极诸靡态。”（嘉庆《澄海县志·风俗·节序》）《粤东成案初编》卷十三载：嘉庆二十二年（1817年）揭阳县民江阿窗与林阿友“同在陈阿亭船充当戏子”，两人在“该班未经出外演唱”时“演习武戏，互相博斗”而成命案；卷二十记海阳县已革职员林鼎纠同族九人“徒手在高掘头地方，抢夺戏班郑兰戏箱六只”成劫案。这些侧面反映戏班或用船或徒步各地演出情况，而且是职业戏班。潮州戏还到海南岛、雷州半岛演出。海南岛海口在1765年建兴潮会馆，1789年建潮州会馆，皆有石戏台，富商大贾请家乡戏（即潮州戏）演出联络商旅；戏班也到天后宫、漳泉会馆、福建会馆演出，与海南土戏也有交流。《海南岛志》载：海南土戏“其腔调，初唯用潮音，其后，代有变易，杂以闽、广歌曲，表演唱工。”到雷州半岛演出事见《陈源江公诗》，这位嘉庆举人《到遂溪》诗中写道：“潮调方残灯光暗，黎歌又展梦魂惊，”是雷州遂溪一带演完潮调（即潮州戏）后又唱雷歌的情形。
这一时期剧目方面，《韩江闻见录》卷四《诡娶黄五娘》叙述陈三五娘另一结合办法的故事，还说：“又考李笠翁有王五娘传奇，讹其姓，其事与此迥异。潮人演荔枝记，则与笠翁本相近。”在民间歌谣和儿童歌谣中也有所反映，如《点戏歌》“正月是新年，抱石投江钱月莲，放下绣鞋为古记，连叫三声王状元。”等等，点出了《荆钗记》《彩楼记》《昭君和番》《拜月记》《孟姜女》《苏英》《梁祝》《蓝关雪》等；儿歌《天乌乌》点出《伯皆》《刘智远》《郭槐》《姜诗》《英台》《武松》等。戏曲故事又多为花灯、木雕、嵌瓷、绘画等汲取，民歌《百屏花灯歌》唱了百屏花灯，从头屏《风仪亭》始，多数说的是潮州戏的故事。乾隆以后，潮州书坊甚多，刊刻了剧本的全本或锦出发售，现仍保留本子的有《揭阳龙船案》《奏皇门》《蔡伯皆认像会妻》《姐妹拜月》《杜十娘》等。这些剧本有的写明“潮音”，有的还刻明某某班“曲本”。
日本《萨州漂客见闻录》（文化十三年之记事）系嘉庆二十一年（1816年）的事。记陆丰县“搭架舞台““男女出场演戏。或与乍浦（浙江省）天后堂中演剧相同，以种种颜色涂面，或穿女服，或扮官人，合以锣、鼓、三弦，鼓乐而舞也。”这是外国人看潮语区戏曲的记述。《韩江闻见录》卷四《王氏妇嫁怒》记有卖小孩为童伶的事，“以金赎陈子，乃鬻诸梨园为小旦”，还记述其学戏情形。这和潮州戏童伶制相符合。
1840年（道光二十年）鸦片战争之后特别是1858年（咸丰八年）中英天津条约潮州（后改汕头）为商埠到1911年辛亥革命70多年间，商业经济有所发展，城镇圩市扩大和增多，华侨人数大增，中外文化交流；民族和阶级矛盾加深，反抗帝国主义侵略的斗争和太平天国、戊戌政变、辛亥革命等政治风云对潮州戏都有影响；各艺术品种相互汲取，潮剧仿用诵唱文学“歌册”，吸收正音、西秦、外江诸戏曲艺术，从民间音乐、大锣鼓中汲取滋养，在戏曲内容和音乐表演各方面都有所改进和发展，有人称之为“潮音戏第二度和诸戏融合”。
这一时期，有潮音戏、白字戏、本地班等称谓见诸碑刻、著作、报刊，潮剧一词也开始使用。如潮州田元帅庙碑文：“咸丰九年八月初二日，祖庙被狂风折毁，社里同众梨园子弟重做庙宇。十年梨园会议：正音班每年每班银二元，西秦班每年每班银二元，潮音班每年每班银一元。”集资每月两次敬神和“六月甘四圣日致敬一天，酒礼影戏一台奉敬；十二月甘四日做平安敬一天，酒礼影戏一台送神。梨园子弟永永万年照此规约，遵奉而行，如有违者，不是田府派下子孙。”光绪乙亥（1875年）江都张心泰《粤游小识》卷三记载：“潮剧所演传奇，多习南音而操土风，名本地班，观者昼夜忘倦。”并记有“丢彩”和“斗戏”。王定镐《鳄渚摭谭》说：“潮属菊部，谓之戏班，正音、白字、西秦、外江凡四种。白字戏近来最盛，优童艳泽，服饰新妍，正音、西秦、外江一类不过数班，独白字班以百计。”光绪二十八年《岭东日报》也载：“潮音凡二百馀班，此为潮音戏之鼎盛时代。”
潮剧用土语土调，妇孺易晓，加上“俗崇尚巫鬼，赛会尤盛”，因之日趋繁荣。如光绪《海阳县志》载，“大小衙门，各召梨园奏乐还神”，“所谓赛会者殆无虚日”。由于演戏把神娱人终年不停，因而班社大增，“缴戏”（即经营戏班）也就多了。《鳄渚摭谭》记载：“潮俗缴戏名为箱主，或曰戏爹，而缴白字最获利。择穷民之幼童，买写春期，身价百数十金不等；班数十人延戏师调督之，数月可开棚。戏班教法甚严，轻则伤，重则死；在春期之内，其父母不能告诉也。大约七八岁至十五六岁，春期届满，乃能自主。”潮剧就是这种童伶制度。又载：“作缴戏者，非胥差兵弁，即劣绅棍徒，否亦倚文武衙门。……盖其时潮之缴戏，半出方氏。”方耀咸丰十三年至光绪八年数任潮州总兵并曾任水师提督，其家族戏班可考的有老正兴、老荣泰等十多班。也是行伍出身的海阳陈承田也缴有九班。清末，潮剧班社多班到暹罗等东南亚地区演出，如老万年春、老赛桃源、福来香等，郑智勇（二哥丰）花会厂赌馆还组有专为招徕赌客的老三玉等班。
潮剧新编剧目增多，内容扩展。这一时期，从各传奇故事和弹词歌册改编和搬演西秦戏、外江戏的戏出如《张古董借妻》《三打王英》、《五台会兄》等外，新编地方故事题材的戏有《揭阳案》（《龙船案》）、《龙井渡头》、《翁万达》、《林大钦》、《萧端蒙》等。以丑角为主演的滑稽诙谐戏出很多，如《李唔直》、《周不错》、《金来清》、《双睛盲》等等；以花旦为主演的戏也兴盛，《挑帘·裁衣》、《梨花送枕》、《卖胭脂》、《世隆走贼》等。此时已出现新编的时事戏和时装戏，如《林则徐》、《滴水记》和《女英雄记》（《印度寻亲记》）。新编剧目促进了表演的丰富，特别是丑行；分工较前细致，袭头丑、长衫丑、褛衣丑出现；传统生旦为主的“三步进三步退”简单程式变为以丑旦为主的多样化，创造性较前多了。音乐唱腔变化更为明显，新编戏须新配曲调，仿歌册吟唱，用西秦、外江戏的板式变化唱腔；“净角唱曲必转正音，清末全用外江腔调”，请外江戏师教戏的事也都出现。在曲牌的基础上融汇板式，与诸戏融合，但唱腔仍以柔婉为特征，少有激越的音调。舞台上改变过去的三幅竹帘，用绣幕布帘代替；穿戴上往往以“服装新颖”招徕观众，潮绣在舞台美术中成为时尚。
